rationnaliser les fichiers de configuration

Il y a bcp de fichier et de redondance Rationaliser çà pour aider a la maintenance

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changed milestone to %V2.2 DSL2 transition

assigned to @jean.mainguy

changed title from rationnaliser les fichier de configurations to rationnaliser les fichiers de configuration

mentioned in commit 056a884b

Les chemins vers les images singularity dans conf/singularity.config sont désormais génériques et pointe grace à la variable nextflow $baseDir vers le directory env de metagWGS.

process {
    container = "file://${baseDir}/env/metagwgs.sif"
    withLabel: EGGNOG {
        container = "file://${baseDir}/env/eggnog_mapper.sif"
    }
} 

changed the description

mentioned in commit bf345441

marked the checklist item Usage as completed

marked the checklist item Functional test as completed

changed the description

changed the description

Ajout des paramètres par défauts dans le profile genotoul. 54210901

changed the description

Créer une nouvelle issue spécifique à conda qui ne marche pas sur genotoul.

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